Conformément à son statut d’E.P.S.T, l’I.N.R.A.A a, explicitement, pour missions de :
Contribuer à l’élaboration de programmes de recherche et à la définition de mécanismes et de modalités de leur mise en œuvre ;
Exécuter les programmes de recherche et d’expérimentation relevant de son domaine d’activité ;
Coordonner à l’échelle nationale, en collaboration avec les structures sectorielles et intersectorielles, les activités de recherche agronomique ;
Participer à l’élaboration de plans de formation et de perfectionnement pour les besoins de la recherche ;
Valoriser les résultats de recherche et veiller à leur diffusion et à leur utilisation en collaboration avec les institutions concernées.
A travers les missions des départements techniques :
Département DPPRE :
— de coordonner l’élaboration du programme pluriannuel de recherche de l’institut, dans le cadre des orientations stratégiques émises par le conseil scientifique de l’institut, sur la base des programmes des divisions de recherche et en accord avec les programmes nationaux de recherche ;
— de promouvoir des objectifs opérationnels en s’appuyant sur une analyse prospective des besoins de recherche à l’échelle nationale et régionale en tenant compte des avis exprimés par les opérateurs du secteur agricole et agroalimentaire ainsi que par les secteurs dont les activités ont une relation avec les compétences de l’institut ;
— d’assurer le suivi des programmes d’activités annuels de chacune des stations expérimentales de l’institut en concertation avec les divisions de recherche ;
— d’assurer la coordination et la mutualisation de l’utilisation des équipements scientifiques communs aux divisions de recherche de l’institut:
— de centraliser les demandes en matériels et en équipements scientifiques et technologiques des structures de recherche ;
— d’élaborer le bilan consolidé des activités scientifiques de l’institut sur la base des bilans d’activités préparés par les divisions de recherche nationaux ;
— de promouvoir et de proposer des actions favorables au développement de partenariat avec les autres organismes de recherche nationaux ainsi qu’à la mise en oeuvre, dans le champ des compétences de l’institut, de conventions de coopération bilatérale ou multilatérale avec les organismes de recherche étrangers et internationaux.
Département DICST :
— de promouvoir l’information scientifique et technique dans le domaine d’intervention de l’institut et de proposer toutes mesures à même d’en faciliter l’accès aux utilisateurs ;
— de diffuser les résultats de la recherche à l’échelle nationale et internationale ;
— de développer la visibilité et la valorisation des activités de l’institut sur le Web ;
— de mettre en place un dispositif approprié de conservation des archives scientifiques de l’institut.
Département DVRR :
— de veiller à la valorisation et à la protection économique des droits de propriété intellectuelle des résultats de recherche obtenus par les chercheurs de l’institut ;
— de sélectionner les résultats de recherche à valoriser et de faciliter leur transfert vers les opérateurs économiques ;
— de développer les partenariats entre l’institut et les opérateurs économiques nationaux du secteur agricole et agroalimentaire ;
— d’assurer les activités de veille technologique ;
— de développer des projets d’entreprises innovantes à partir des résultats de recherche.
A travers les missions des divisions de recherche:
1. la division de recherche «ressources phytogénétiques» est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur la prospection, la collecte, l’inventaire, l’évaluation et la conservation durable des ressources phytogénétiques d’intérêt agricole et alimentaire;
2· la division de recherche « biotechnologies et amélioration des plantes» est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur le Génotypage et la caractérisation de la diversité génétique ainsi que sur la création et/ou l’élargissement de la variabilité génétique pour l’amélioration des espèces stratégiques (résistance, productivité et qualité) ;
3·la division de recherche « bioclimatologie et hydraulique agricole » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur l’analyse fréquentielle, la modélisation du climat et l’évaluation de ses impacts sur la production agricole ainsi que sur la gestion rationnelle des eaux d’irrigation ;
4· la division de recherche « sols et gestion des espaces agricoles » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur l’inventaire et la caractérisation des sols en vue d’un zonage agro pédologique, l’amélioration des qualités physiques, chimiques et biologiques des sols cultivés ainsi que sur l’étude des processus de dégradation des sols (salinisation, désertification, érosion) ;

5. la division de recherche « productions animales » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur l’inventaire, l’évaluation, la conservation et l’utilisation durable des ressources génétiques animales locales, la sélection animale, la connaissance et l’amélioration des systèmes d’élevage ;
6. la division de recherche « technologies agroalimentaires » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur l’amélioration de procédés technologiques de transformation industrielle des produits agricoles, la valorisation industrielle des sous-produits végétaux et animaux et de l’agro-industrie, la sécurité et la traçabilité des aliments et des produits alimentaires ;
7· la division de recherche « gestion des agro-systèmes Est » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur la connaissance, la diversification et l’intensification durable des agro-systèmes de la région Est ainsi que sur la connaissance et la valorisation des produits de terroir et des savoir-faire locaux ;

8· la division de recherche « gestion des agro-systèmes Ouest et steppe » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur la diversification des agro-systèmes et la connaissance des systèmes de production mis en place dans la région Ouest et en région steppique, l’amélioration des systèmes d’élevages ovin, caprin et camelin ainsi que sur les impacts des systèmes d’élevage sur l’environnement et la gestion intégrée et durable des parcours steppiques;
9· la division de recherche « gestion des agro-systèmes de montagne » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur les systèmes de production et la diversification des agrosystèmes de montagne, l’arboriculture et l’oléiculture de montagne, l’expérimentation des espèces et des variétés végétales, des races et des souches animales à promouvoir.
10· la division de recherche « agronomie saharienne » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur l’évaluation de la diversité génétique du palmier dattier et la promotion de l’obtention variétale, l’optimisation des itinéraires techniques de la phoeniciculture, des cultures maraichères et de l’arboriculture fruitière, ainsi que sur la gestion de l’eau d’irrigation et les méthodes de lutte contre l’ensablement des oasis ;
11· la division de recherche « protection des cultures » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur la connaissance de la bioécologie et de la dynamique des populations des bioagresseurs et sur l’identification des agents pathogènes et symbiotiques des plantes d’intérêt agricole et agroalimentaire, ainsi que sur la définition de stratégies de lutte contre les bioagresseurs des cultures ;
12·la division de recherche « économie agricole, agroalimentaire et rurale » est chargée de mener des études et des travaux de recherche sur le foncier agricole et le développement des filières agroalimentaires, la modélisation des exploitations, l’aide à la décision et le développement de bases de données sur les territoires ruraux.